Bij VHLGenetics maken we gebruik van verschillende technieken. Enkele voorbeelden van de technieken die worden gebruikt:
DNA-extractie
Voor alle projecten biedt VHLGenetics uitgebreide DNA-extractiediensten. Deze dienst is zowel beschikbaar als onderdeel van een volledig project met genotypering als een op zichzelf staande service. Als er alleen van de DNA-extractie zonder aanvullende services gebruik gemaakt wordt, dan kan ruw materiaal zoals zaden of bladeren van gewassen en planten, of haar, bloed, weefsel of swabs van dieren worden aangeleverd. De klant ontvangt na de DNA-extractie 96-well platen met het geëxtraheerde DNA.
VHLGenetics biedt twee verschillende soorten DNA-extractiediensten aan. De eerste is afgestemd op laagdrempelige genotyperingstechnieken zoals KASP (SNP), fragmentanalyse (STR, SSR, VNTR) en TaqMan (qPCR, SNP). Het tweede, meer geavanceerde protocol is geoptimaliseerd voor verfijnde toepassingen zoals genotypering door sequencing, whole genome sequencing (WGS), of BeadChips-analyse. Daarnaast kunnen indien nodig RNAse-behandeling en normalisatieprocedures worden toegepast op het geëxtraheerde DNA om de kwaliteit en integriteit ervan te waarborgen.
KASP
De KASP™ (Kompetitive Allele Specific PCR) genotyperingstest maakt gebruik van een homogene fluorescentietechniek (FRET) voor nauwkeurige bi-allele discriminatie van bekende SNP’s en InDels. In tegenstelling tot andere PCR-gebaseerde assays, vereist KASP geen doelwit-specifieke primer/probe labeling, wat grote flexibiliteit in testontwerp en hogere slagingspercentages biedt, zelfs voor grote/mega InDels.
Centraal in KASP staat het gebruik van een universeel FRET-cassette-rapportagesysteem, waardoor de behoefte aan dubbel-gelabelde probes verdwijnt. Elke allel-specifieke voorwaartse primer heeft een staartsequentie die overeenkomt met een van de twee FRET-cassettes: FAM-kleurstof of HEX-kleurstof. Deze innovatie stelt KASP in staat om te werken in geminiaturiseerde reactievormen (10 µL in 96-well PCR-platen, 5 µL in 384-well PCR-platen en 1 µL in 1536-well PCR-platen) terwijl individuele PCR-reacties worden behouden.
KASP toont opmerkelijke veelzijdigheid, in staat om tussen 1 en 100 markers te accommoderen.
Genotyperingsarrays / Genoomscan
VHLGenetics biedt een uitgebreide selectie van BeadChips, waaronder zowel op maat gemaakte arrays als standaard Illumina arrays. Deze arrays bevatten SNP-markers die ideaal zijn voor verschillende genetische toepassingen bij zowel dieren als planten.
Onze arrays kunnen op projectbasis worden gebruikt en bieden waardevolle inzichten in de genetische achtergrond van dier-, gewas- en plantpopulaties.
Sequencing
Met behulp van geavanceerde sequencingtechnologieën biedt VHLGenetics nauwkeurige en volledige genetische analyses. Het belangrijkste instrument, de Aviti-sequencer van Element Biosciences, staat bekend om zijn uitzonderlijke precisie en efficiëntie, en vormt de kern van de short-read sequencing-diensten van VHLGenetics. Daarnaast is de GridION-sequencer van Oxford Nanopore beschikbaar voor long-read sequencing, wat extra diepgang en veelzijdigheid toevoegt aan de sequencingmogelijkheden van VHLGenetics.
VHLGenetics werkt samen met marktleiders, zoals Twist Bioscience en Agriplex, om op maat gemaakte sequencingpanels te ontwikkelen die zijn afgestemd op specifieke fokdoelen of onderzoeksbehoeften. Dankzij deze samenwerkingen kunnen veelzijdige oplossingen worden geboden voor een breed scala aan toepassingen. Bovendien wordt de flexibiliteit om met andere leveranciers samen te werken behouden, waardoor kan worden ingespeeld op uiteenlopende klantbehoeften en gebruik wordt gemaakt van de beste beschikbare technologieën.
De sequencingdiensten van VHLGenetics zijn ontworpen ter ondersteuning van fokorganisaties en onderzoekers met uiteenlopende toepassingen, waaronder onder andere whole-genome sequencing en targeted sequencing. Met een sterke toewijding aan kwaliteit combineert VHLGenetics state-of-the-art sequencingcapaciteiten met deskundige kennis om de best mogelijke service te bieden.
Meer informatie
Neem contact met ons op voor een voorstel op maat.
