Bij VHLGenetics maken we gebruik van verschillende technieken. Enkele voorbeelden van de technieken die worden gebruikt:
DNA-extractie
Voor alle projecten biedt VHLGenetics uitgebreide DNA-extractiediensten. Deze dienst is zowel beschikbaar als onderdeel van een volledig project met genotypering als een op zichzelf staande service. Als er alleen van de DNA-extractie gebruikt wordt gemaakt zonder aanvullende services, dan kan ruw materiaal zoals zaden, bladeren of haar worden aangeleverd. De klant ontvangt na de DNA-extractie 96-well platen met het geëxtraheerde DNA.
VHLGenetics biedt twee verschillende soorten DNA-extractiediensten aan. De eerste is afgestemd op laagdrempelige genotyperingstechnieken zoals KASP (SNP), fragmentanalyse (STR, SSR, VNTR) en TaqMan (qPCR, SNP). Het tweede, meer geavanceerde protocol is geoptimaliseerd voor verfijnde toepassingen zoals genotypering door sequencing of BeadChips-analyse. Daarnaast kunnen indien nodig RNAse-behandeling en normalisatieprocedures worden toegepast op het geëxtraheerde DNA om de kwaliteit en integriteit ervan te waarborgen.
KASP
De KASP™ (Kompetitive Allele Specific PCR) genotyperingstest maakt gebruik van een homogene fluorescentietechniek (FRET) voor nauwkeurige bi-allele discriminatie van bekende SNP’s en InDels. In tegenstelling tot andere PCR-gebaseerde assays, vereist KASP geen doelwit-specifieke primer/probe labeling, wat grote flexibiliteit in testontwerp en hogere slagingspercentages biedt, zelfs voor grote/mega InDels.
Centraal in KASP staat het gebruik van een universeel FRET-cassette-rapportagesysteem, waardoor de behoefte aan dubbel-gelabelde probes verdwijnt. Elke allel-specifieke voorwaartse primer heeft een staartsequentie die overeenkomt met een van de twee FRET-cassettes: FAM-kleurstof of HEX-kleurstof. Deze innovatie stelt KASP in staat om te werken in geminiaturiseerde reactievormen (10 µL in 96-well PCR-platen, 5 µL in 384-well PCR-platen en 1 µL in 1536-well PCR-platen) terwijl individuele PCR-reacties worden behouden.
KASP toont opmerkelijke veelzijdigheid, in staat om tussen 1 en 100 markers te accommoderen.
Genotyperingsarrays / Genoomscan
VHLGenetics biedt een uitgebreide selectie van BeadChips, waaronder zowel op maat gemaakte arrays als standaard Illumina arrays. Deze arrays bevatten SNP-markers die ideaal zijn voor verschillende genetische toepassingen bij zowel dieren als planten.
Onze arrays kunnen op projectbasis worden gebruikt en bieden waardevolle inzichten in de genetische achtergrond van veerassen en populaties.
Meer informatie
Neem contact met ons op voor een voorstel op maat.
